Das Pfarrhaus Winikon wurde in der Zeit zwischen ca. 1580 und 1620 erbaut. Die dendrochronologische Altersbestimmung ergab das Fälljahr 1577, die Quellenforschung nennt das Jahr 1624. Wesentliche bauliche Eingriffe und Veränderungen erfuhr der Bau insbesondere in den Jahren 1834-36 mit der talseitigen Erweiterung und der Umgestaltung des Daches, sowie der Neugestaltung der Fassaden. In den Jahren 1926-27 erfolgte eine umfassende Gesamtrenovation. Letzte grössere Renovations- und Umbauarbeiten wurden 1974 die getätigt. Damals wurden die Nasszellen und die Fenster erneuert.
Rund 40 Jahre nach den letzten grösseren Renovationsarbeiten bedingte der baulich schlechte Zustand eine umfassende Sanierung und Restaurierung des Pfarrhauses. Zudem mussten Anpassungen an die heutigen Bedürfnisse bezüglich Wärmeschutz und Wohnkomfort gemacht werden. Der Bedarf nach Räumen für die Kirchgemeinde und die Pfarrei musste abgedeckt werden. In enger Zusammenarbeit mit der Bauherrschaft und den Gebietsdenkmalpflegern wurde das Restaurierungsprojekt entwickelt. Die Denkmalpflege machte die Vorgabe, dass das Pfarrhaus in seiner bestehenden Form und Gestaltung restauriert werden muss. Die Renovationen und Umgestaltungen aus Jahren 1834-36 und 1926-27 wurden respektiert. Erforderliche Eingriffe in die historische Bausubstanz wurden so gering wie möglich gehalten. Die bestehenden Kammerungen wurden beibehalten. In der nördlichen Hälfte des Erdgeschosses sind die Räume der Pfarrei und der Kirchgemeinde untergebracht. Die restliche Hälfte des Erdgeschosses und das ganze Obergeschoss stehen zu Wohnzwecken zur Verfügung.
